1966年5月“文化大革命爆发”，学校“停课闹革命”教学、科研等工作停止。1968年10月至1969年9月水机专业教师下放到甘肃省泾川县梁河公社农村劳动，与以后的“农宣队”（“农村工作队”）中教师一起用所学知识为当地农民修复水泵、建水磨、修水渠提灌等工作，使当地的生活用水、磨面和提水灌溉的问题得以及时解决。在支农中水机专业教师为临夏县南垄公社建造了一座小型发电提灌站，走与工农相结合的道路。
1969年学校以校办工厂为基地，建立“五·七公社”（或称“五·七机械厂”），进行“厂带专业”，以水机实验车间带水机专业，后又组建了水泵厂（由水机专业管理），专业教师参加“学工”劳动。
1970年，为适应国民经济对液压技术人才的需求，由水机专业分建了液压专业，次年液压专业开始单独招生。
1971年，水机液压专业教师先后分批到“五·七学校”（甘肃工业大学一条山农场）参加农业劳动。水机液压专业分别招收“工农兵学员”，这是文化大革命开始后学校停课和停止招生后的恢复办学，学制三年，为满足“工农兵学员”的学习需求，编写了相应的油印教材，教学实行“开门办学”方针，把课堂搬到了工厂企业，一直到1976年，共六届，为国家培养了一批工程技术人员。
1974年8月，由沈阳水泵厂、沈阳水泵研究所和甘肃工业大学共同编写的《离心泵设计基础》一书出版，在泵行业广泛使用。1976年，由水机专业教师设计、兰州水泵厂制造的800S80单级双吸离心泵成功应用在甘肃景泰川一期提灌工程，解决了当地人民的生活用水与农业灌溉问题。
1977年10月恢复高考招生制度，水机、液压两专业招收新生约140名，两个专业扬帆启航，开始了新历程。水机、液压两个实验室于1977年（及后10年左右）也相继基本建成，其中有水力学实验室（有伯努利方程仪、动力学多功能实验装置、动量定律实验仪、自循环流动演示仪）、水轮机实验室（有反击型水轮机试验装置，冲击型水轮机试验装置，全贯流水轮机、小水洞试验装置等）、水泵实验室（有活塞泵实验台、多级泵实验台、离心泵实验台、轴流泵实验台等）、液压实验室（有低速大扭矩马达实验台，高压阀实验台、液压伺服阀实验台、容积调速实验台、液压教学实验台等），以及机械维修小车间（有车床，床，台式钻床，木简挫工多用刨，交流弧焊机等），还有光线示波器、静态电阻应变仪、动态电阻应变仪、品体管测振仪、品体管数字测速仪、转速数字显示仪、转速校验器、巡回检测仪、宽频信号发生器、测功机、腐蚀测定仪、声级计、表面张力仪、流线仪、涡轮流量变送器、电动差压变送器等一批测试仪器仪表均相继配套完成，为教学和科研实验打下了坚实的基础。
这段特殊时期的创业实践，不仅培养了一支“能吃苦、肯钻研、重实践”的师资队伍，更形成了“立足西北、服务行业”的办学特色。这种在逆境中坚守、在困境中创新的精神品格，至今仍是学院文化的重要基因。
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